Слабая теоретическая и методологическая разработанность создания систем электронной коммерции заключается в том, что требуется неотложное решение следующих наиболее важных проблем:

• уточнение основных категорий и понятий, применяемых в системе управления электронной коммерцией;
• разработка основных научных принципов построения системы электронной коммерции;
• разработка структурной модели Интернет-экономики и обоснование в ней места системы электронной коммерции;
• раскрытие особенностей построения моделей системы электронной коммерции, реализуемых посредством Интернета;
• классификация различных видов организационно-экономических моделей электронной коммерции, реализуемых в сети Интернет;
• обоснование наиболее целесообразных сфер применения электронной коммерции;
• классификация принципиальных свойств электронной коммерции, отличающих ее от традиционной формы торговли;
• обоснование состава основных элементов системы электронной коммерции и их характеристика;
• формулирование основных требований, предъявляемых к организации электронного магазина;
• оценка современных технологий, применяемых в системе электронной коммерции, и формулирование рекомендаций по их целесообразному использованию;
• обоснование комплекса основных организационно-экономических задач, подлежащих решению в системе электронной коммерции;
• разработка методики, связанной с обоснованием выбора наиболее целесообразного программного средства для создания электронного магазина и реализуемой на основе не традиционного одноцелевого подхода, а многоцелевого (многокритериального) подхода к решению данной задачи, обеспечивающего в итоге более высокую экономическую эффективность;
• систематизация общих экономических выгод, получаемых всеми участниками электронной коммерции;
• определение полного комплекса основных экономико-организационных преимуществ, получаемых фирмами-производителями, маркетологами, а также покупателями в случае пользования системами электронной коммерции;
• разработка методических основ оценки экономической эффективности не только создания, но и функционирования электронных магазинов.